卵巢刺激是三代试管婴儿的关键步骤之一。医生会通过注射促排卵药物来刺激卵巢产生多个卵子。在这个过程中，患者可能会感到腹部胀满或轻微的刺痛。这种不适通常是可以控制的，并且可以通过调整药物剂量来减轻症状。取卵手术是在卵巢刺激后进行的。这是一个小型的外科手术，通常在局部麻醉或轻度镇静下完成。大多数患者报告说，在手术过程中几乎没有感觉到任何疼痛。术后可能会有轻微的腹痛或痉挛，类似于月经期间的不适，但这通常会在几天内消失。
对于男性伴侣来说，精子采集是一个相对简单的过程，通常不会引起明显的疼痛或不适。如果有特殊情况，如睾丸穿刺取精，可能会有一些短暂的不适，但一般也会在短时间内缓解。胚胎培养和筛选是在实验室中进行的，不涉及患者的直接参与。故而，这个阶段对患者来说没有身体上的不适或疼痛。胚胎移植是一个非常简单的程序，通常不需要麻醉。医生会通过阴道将胚胎植入子宫内。整个过程大约需要几分钟，患者可能会感到轻微的压力或不适，但大多数人都能轻松承受。
为了确保胚胎能够成功着床，患者需要接受黄体支持治疗，通常通过注射或口服药物。这些药物可能会引起一些副作用，如情绪波动、头痛或乳房胀痛，但这些症状通常是暂时的，并且可以通过医生的指导进行管理。